Melhor forma de ler vários valores de entrada

você pode ler criando um array, exemplo:

let number = lines.map(item => parseInt(item))

Desse jeito você vai criar um array já com os valores em tipo number.
Pra acessar esses valores é só usar o Index: number[0], number[1]...

Se forem vários valores na mesma linha:

var [A, B, C, D] = lines.shift().split(" ").map(Number))

Se forem vários valores em linhas diferentes, como no exercício do Beecrowd 1007:

var [A, B, C, D] = lines;

Se forem 2 valores por linha, como no exercício do Beecrowd 1015:

var [x1, y1] = lines[0].split(" ");
var [x2, y2] = lines[1].split(" ");

Testa e se tiver qualquer problema, estou à disposição :)

Dá pra fazer em uma linha sim. Faz assim:

let [A, B, C] = lines.shift().split(" ").map(item => parseInt(item))

O .split(" ") é pra transformar a string em um array, separando a cada espaço em branco. O método .map() pega cada item desse array e retorna o valor no tipo inteiro. Com o [A, B, C], o array será desestruturado e o valor de cada índice será armazenado nas variáveis A, B e C.

Existem algumas formas de lidar com isso.

Se você quiser armazenar os valores em diferentes variáveis, você pode utilizar:

let [A, B, C, D, E, F] = lines.map(Number)

O map vai percorrer os itens do array, que são strings, converter pra números, e eles serão armazenados nas variáveis, na mesma ordem, tendo 6 variáveis (A...F) numéricas.

Se você não precisa separá-los e quer apenas convertê-los e armazená-los em uma variável transformando o array de string em numérico, você utiliza:

let numbers = lines.map(Number)

Assim você terá uma nova variável escolhida por você, com os valores convertidos em número.

teria como criar um laço de repetição para ler quantos dados forem necessários, abaixo deixo um exemplo com laço for, inclusive é de um dos exercícios do beecrowd.

let quantidadePositivos = 0;

for (let i = 1; i <= 6; i++) {
const valor = parseFloat(prompt("Digite um valor:"));

if (valor > 0) {
quantidadePositivos++;
}
}

console.log(quantidadePositivos + " valores positivos");

Nesse caso o código lerá 6 valores digitados pelo usuário.

Oi.
O beecrowd ja entrega o "lines" como um array por fazer o "split()" no "input".
Você pode fazer a leitura usando diretamente o array lines em um loop, ou atribuir cada valor do array a uma variável que você nomear.
Eu não sei se é a forma correta, mas achei mais facil trabalhar com o laço diretamente no lines.

Obrigada a todos, me ajudaram muito.